ليس لمصطلح نظم الزراعة الإيكولوجية تعريف وحيد، حيث يختلف من مجتمع لآخر، ومن إقليم لآخر وحسب التقاليد. ومع ذلك، يمكن فهم النظم الزراعة الإيكولوجية الزراعية على أنها نهج يهدف إلى تطوير النظم الغذائية يضع الفلاحين (المقصود بهم الفلاحين المزارعين، ومجتمعات صيد الأسماك، ورعاة المناطق الريفية والحضرية) في المركز. بالنسبة لحركة الزراعة الإيكولوجية (المرتبطة بحركة السيادة الغذائية)، لا يقتصر دور الفلاحين فقط على حماية الأرض والموارد الطبيعية، لكنهم يلعبون أيضا دورا مركزيا في الحفاظ على التنوع البيولوجي. وتتحدى الزراعة الإيكولوجية النظام السائد المكثف الذي تعرض للتلف والاستنزاف بسبب الإنتاج الصناعي للغذاء.

نتيجة لمختلف الضغوط، اعترفت الكثير من المنظمات بين-الحكومية وهيئات القطاع الخاص ومعاهد البحوث والمنظمات غير الحكومية بالنظم الإيكولوجية الزراعية، ولكنهم حددوها بالممارسات التكنولوجية أو الإنتاجية التي تنسجم مع نظام الإنتاج والاستهلاك الحالي. وتتضمن الممارسات الضارة الزراعة الذكية مناخيا، والثورات الخضراء والزرقاء، من بين أمور أخرى لا تندرج تحت اسم النظم الزراعة الإيكولوجية.

هناك وصف للزراعة الإيكولوجية مذكور ضمن بعض المبادئ المتفق عليها في الإعلان الختامي الصادر عن المنتدى الدولي للزراعة الإيكولوجية في 27 شباط/فبراير 2007 بمدينة نييليني (Nyéléni) بمالي: الزراعة الإيكولوجية:

ترفض استخدام المواد الزراعية السامة، والهرمونات الصناعية والكائنات المحورة وراثيا، وتركز على الحفاظ على التربة والبحار والبحيرات والأنهار وإعادة تدوير المغذيات، والإدارة الديناميكية للتنوع البيولوجي والحفاظ على الطاقة على جميع المستويات؛

الحفاظ على سيادة الشعوب على أراضيها، يحق للمجتمعات والشعوب تأمين الهياكل الاجتماعية التقليدية الخاصة بهم وتطويرها والسيطرة عليها وإعادة بنائها، كما يحق لها إدارة أراضيها وأقاليمها، بما في ذلك مناطق صيد الأسماك، سواء سياسيا أو اجتماعيا؛

الحقوق الجماعية والحصول على المشاعات، بما في ذلك الاعتراف بنظم الحيازة العرفية والتقليدية،

الحفاظ على المعرفة وعمليات التعلم أفقية ومن الند للند، وقائمة على أساس التعليم الشعبي. ويتم تطوير النظم الزراعة الإيكولوجية من خلال ابتكارنا وأبحاثنا نحن، ومن خلال اختيارنا للمحاصيل والماشية وتربيتها؛

التنظيم الذاتي والعمل الجماعيهي ما يجعل توسيع نطاق الزراعة الإيكولوجية أمرا ممكنا، علاوة على بناء النظم الغذائية المحلية، وتحدي تحكم الشركات الكبرى في النظم الغذائية. ويعد التضامن بين الشعوب وبين سكان الريف والحضر أمرا بالغ الأهمية؛

إعادة تشكيل الأسواق بناء على مبادئ اقتصاد التضامن والأخلاقيات المسؤولة للإنتاج والاستهلاك. هذا يشجع على تكون سلاسل قصيرة مباشرة وعادلة للتوزيع ، وعلاقات شفافة بين المنتجين والمستهلكين، حيث يشاركون بعضهم البعض في المخاطر والمنافع.